Son araştırma: Güney Çin deniz ürünleri pazarı, yeni taç virüsün doğum yeri değil, yeni taç virüsü, Kasım ortasından sonuna kadar kişiden kişiye yayılıyor
Aralık 2019'da Hubei, Wuhan'da yeni tip koronavirüs (SARS-CoV-2) pnömoniye (şimdiki adı COVID-19) neden oldu.Yeni tip koronavirüs salgınının üzerinden iki aydan fazla zaman geçti.Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı'nın tek olup olmadığı belirlendi. Virüsün kaynağı, virüsün kaynağını bulmak, ara konağı belirlemek, salgını kontrol etmek ve başka bir salgından kaçınmak için hayati öneme sahiptir. Çin Bilimler Akademisi'nin Xishuangbanna Tropikal Botanik Bahçesi, Güney Çin Tarım Üniversitesi ve Pekin Beyin Merkezi'nden araştırmacılar ile birlikte, dünyanın tüm alanlarından 93 yeni koronavirüs örneğinin genom verilerini topladı, GISAID EpiFluTM veritabanında dört kıtada 12 ülkeyi kapsayan (2'den itibaren) 12 Aralık), tüm genom verilerinin analizi yoluyla, enfeksiyonun kaynağını ve yayılma yolunu izleyin. Çalışma, alınan 93 numunenin, 3 eski süper yayıcı haplotip (H1, H3 ve H13) ve 2 yeni süper yayıcı dahil olmak üzere beş gruba (Şekil 1) gruplandırılabilen 58 haplotip içerdiğini buldu. Haplotipler (H56 ve mv2); Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı'ndaki yeni koronavirüs başka yerlerden tanıtıldı, pazarda hızla yayıldı ve pazarın dışına yayıldı; aynı zamanda vakaların mevcut yayılımı en az 3 yoldan geldi. Yeni koronavirüs, 12 Şubat'tan önce (8 Aralık ve 6 Ocak) iki önemli nüfus artışına sahipti.
Huanan Deniz Ürünleri Pazarı'ndaki yeni koronavirüs başka yerlerden tanıtıldı
120 mutasyon bölgesine dayalı olarak, 58 haplotip (gen tipi) elde edilir. Haplotip evrim ilişkisi, H13 ve H38 haplotiplerinin nispeten "eski" haplotipler olduğunu gösterir. Bir ara vektör aracılığıyla (mv1, bir Bir ara konakçıdan veya "hasta sıfırdan" olabilen atasal haplotip, yarasa koronavirüs RaTG13 ile ilişkilidir ve haplotip H1, haplotip H3'ten türetilir. Huanan Deniz Ürünleri Pazarı ile ilgili hasta örneklerinin haplotiplerinin tümü H1 ve onun türetilmiş haplotipleri H2, H8-H12'dir (Şekil 1, A) ve bir Wuhan örnek haplotip H3'ün Huanan Deniz Ürünleri Pazarı ile hiçbir ilgisi yoktur. Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı'ndaki yeni koronavirüsün başka yerlerden tanıtıldığı ve pazarda hızla yayıldığı ve pazarın dışına yayıldığı görülüyor. Buna ek olarak, hastanın başlangıç zamanı kaydı ve nüfus artış süresine dayanan çıkarımlar, Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı'nın virüsün kaynağı olmadığı sonucunu da doğruladı.
"Eski" haplotip H13 ve H38'in virüs örneklerinin izlenebilirliği, Shenzhen'den bir hasta (Guangdong'daki ilk vaka) ve Washington Eyaleti'nden bir hastaydı (Birleşik Devletler'deki ilk vaka). Seyahat kayıtları, Wuhan'daki akrabalarını Aralık 2019'un sonundan Ocak 2020'nin başına kadar yaptıkları ziyaretler sırasında hepsinin enfekte olduğunu gösteriyor. H13 ve H38 haplotipleri, mevcut Wuhan örneklerinde tespit edilmedi, bunun nedeni büyük olasılıkla mevcut örneklerin esas olarak belirlenmiş birkaç hastaneden toplanması ve örnek toplama süresinin 24 Aralık 2019 ve 5 Ocak 2020 ile sınırlı olmasıdır. Wuhan'daki diğer hastanelerde bu iki haplotip erken dönem hastalarda tespit edilebilirse, virüsün kaynağının bulunması çok faydalı olacaktır.
Yeni koronavirüs, 12 Şubat'tan önce iki önemli nüfus artışı yaşadı
Yeni koronavirüs genom verilerine göre, 8 Aralık'tan önceki nüfus artışının gerçekleştiği tahmin ediliyor. Bu sonuç, virüsün Aralık ayı başında hatta Kasım ayı sonunda kişiden kişiye yayılmaya başladığını ve ardından Güney Çin deniz ürünleri pazarında insandan insana yayılmayı hızlandırdığını gösteriyor. (şekil 2). Çalışma, Şubat ayından önceki nüfus artış zamanının 6 Ocak'ta olacağını tahmin ediyor, bu da Yılbaşı tatili ile ilgili olabilir. Ulusal Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi'nin bu gün Seviye 2 acil durum müdahalesi yayınladığı belirtilmelidir. O zamanki erken uyarı bir uyarı olarak rol oynadı ve kamu faaliyetleri ve seyahatler azaldı. O zamanki uyarılar daha geniş kamuoyunun dikkatini çekebilirse, Ocak ortasından sonuna kadar ülke ve dünyaya yayılan vaka sayısı azalacaktır. Araştırmacılar ayrıca Çin'deki diğer 9 ildeki ve diğer 11 ülkedeki enfeksiyon vakalarının temelde doğrudan veya dolaylı olarak Wuhan'dan ithal edildiğini doğruladılar.
Yayılma durumları en az 3 yoldan
Araştırmacılar kaynağı alt gruplara ayırabilmek için 58 haplotipi beş gruba ayırdı (Şekil 1). Kabul edilen standart 3 merkezi (eski süper iletişimci) haplotip (H1, H3 ve H13) ve 2 yeni haplotiptir. Süper iletişimci haplotipleri (H56 ve mv2). Buna dayanarak, Guangdong'daki virüsün üç kaynağı olabilir ve Chongqing ve Tayvan'daki virüsün iki kaynağı olabilir. Bunların arasında Shenzhen, Guangdong'da bir aile, ilk günlerde insandan insana yayıldı. Çok sayıda örneğe sahip olan Avustralya, Fransa, Japonya ve Amerika Birleşik Devletleri en az iki hasta enfeksiyon kaynağına sahiptir, özellikle Amerika Birleşik Devletleri beş kaynağı içermektedir. Avustralya, Fransa, Amerika Birleşik Devletleri ve Tayvan'daki hastalar için enfeksiyon kaynağı olan süper yayıcı bir haplotip olan H56 büyük bir endişe kaynağıdır. Diğer ülkelerdeki hastaların daha az örneği olduğu için, bunların çoğu tek bir kaynaktan geliyor.Wuhan'dan ithal edilmeye veya Wuhan'da enfekte olmanın yanı sıra, Guangdong, Singapur ve diğer yerlerde bazı insanlar enfekte olabilir.
Yeni koronavirüs genomu henüz rekombinasyon olaylarına maruz kalmadı
Araştırmacılar yeni koronavirüs genomunda rekombinasyon olayı olmadığını buldular. 93 genom arasında 120 nükleotid mutasyonu vardı (% 0,41 dizi uzunluğu) ve 10 kodlama bölgesinde (2 = 1,958, df = 9, P) eşit olarak dağıldılar. = 0.99). 120 mutasyona uğramış nükleotid, 79 kodonu (% 65.83) amino asit tipini değiştiren ve 42 (% 53.17) amino asidin fiziksel ve kimyasal özelliklerini değiştirdiği 119 amino asit kodonu ile ilişkilidir (Şekil 3). Bu amino asit türlerinin ve fiziksel ve kimyasal özelliklerdeki değişikliklerin yeni koronavirüsün aktivitesini etkileyip etkilemeyeceği geçici olarak belirsizdir ve proteomik ve yapısal biyoloji alanındaki diğer profesyonellerin doğrulaması gerekmektedir. Bu araştırma, Banna Botanik Bahçesi Kapsamlı Koruma Merkezi Biyoçeşitlilik Araştırma Grubu araştırmacıları tarafından sistemler ve evrim alanındaki uzmanlıkları kullanılarak gerçekleştirildi.Bu araştırma, haplotip evrim ilişki analizi yönteminin epidemiyolojik araştırmalara entegre edilebileceğinden bahsediyor. Enfeksiyon kaynağının yanı sıra kesin yayılma ve yayılma yönü çok önemli bilgiler sağlayabilir.
İlgili araştırma sonuçları, ilgili hastalık kontrolü ve salgın önleme departmanları tarafından referans olarak kullanılabilen ve uzmanlar ve akademisyenler arasındaki alışverişleri ve tartışmaları kabul eden Çin Bilimler Akademisi Bilim ve Teknoloji Raporları Ön Yayın Platformu 'e sunulmuştur.
Şekil 1. Yeni koronavirüsün (A, B) 58 haplotipinin evrimsel ilişkisi ve coğrafi dağılım modeli, haplotipler (C) arasındaki olası evrimsel ilişki ve yeni koronavirüsün (D) olası bulaşma ve yayılma yolları . A ve B dairelerindeki veriler, örneklerin sayısıdır.
şekil 2 . Yeni koronavirüs haplotipinin örnek toplama süresi. Kırmızı çemberdeki numunelerin Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı ile ilgili olduğu, mavi çemberdeki numunelerin ise deniz ürünleri pazarı ile ilgili olmadığı teyit edilmiştir.
Şekil 3. 8 kodlama bölgesinde 120 varyant bölgesinin dağılımı. İstatistik türleri, ikame veya ikame (sol üst köşe), 1-3 kodon pozisyonları (sağ üst köşe), eşanlamlı veya eşanlamlı olmayan mutasyonlar (sol alt köşe) ve amino asit özelliklerini (sağ alt köşe) içerir.
