Pan-kanser Atlası, klinik onkoloji ikilemini kırmak için yeni bir umut
Genel olarak, kanserleri genellikle meme kanseri, mide kanseri, karaciğer kanseri gibi kanserin bulunduğu dokuya göre sınıflandırıyoruz. 2012 yılında, Santa Cruz, California'daki bir konferansta tıbbi araştırmacılar, Pan Cancer Projesi (Pan-Cancer Initiative) işbirliği, Moleküler özellikler Kanseri incelemek için çok yeni bir bakış açısı. Analiz sonuçları şunu gösteriyor: Farklı organlarda başlayan kanserler aslında moleküler düzeyde ortak bir noktaya sahipken, aynı dokudan kaynaklanan kanserler çok farklı genom profillerine sahip olabilir.
Büyüyen kanser hücreleri (mor) sağlıklı hücrelerle (pembe) çevrilidir, bu da birincil tümörün dolaşım sistemi yoluyla vücudun diğer bölgelerine yayıldığını gösterir. | Resim kredisi: Darryl Leja / NHGRI
Pan-Cancer Projesi, genomik ve moleküler verilerin daha büyük ölçekli analizinin sonuçlarını yayınladı.Bu veriler, 11.000'den fazla tümör hastasında en yaygın 33 kanser türünden elde edildi. Pan Kanseri Atlası (Pan-Cancer Atlas), bir Kanser Genom Atlası (TCGA) Daha kapsamlı ve derinlemesine yükseltilmiş bir sürüm. TCGA, Ulusal Kanser Enstitüsü (NCI) ve Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü (NHGRI) arasında ortak bir işbirliği projesidir. Projenin toplam finansmanı, 20'den fazla araştırma kurumu ve 150'den fazla araştırmacıyı içeren 300 milyon ABD Dolarını aşmaktadır. 10 yıldan fazla sıkı çalışma. Pan Cancer Atlas, bu projenin nihai araştırma sonucudur .
Pan-Cancer Atlas, Cancer Genome Atlas (TCGA) projesinin nihai sonucu olan bugüne kadarki en kapsamlı çapraz kanser analizidir. | Resim kaynağı: UCSC
[Pan-kanser haritasının üç bileşeni]
Pan-Cancer Atlas, yalnızca kanserin genom dizisine değil, aynı zamanda gen ve protein ekspresyon profillerini araştırmak ve ardından bunları klinik verilerle birleştirmek gibi farklı veri analizi türlerine de odaklanmaktadır. TCGA'nın yaptığı çalışmaları özetleyerek "Cell" ve ona bağlı "Cancer Cell", "Cell Report" ve "Immune" dergilerinde 27 makale yayınladı.
"Cell" dergisinin kapak resmi: | Kaynak: Hücre
Pan-kanser atlası esas olarak üç kategoriye ayrılır: Tümör hücrelerinin kökeni , Kanserojen süreç ile Kanserojen yol . Her kategori için, temel sonuçlarını özetleyen bir inceleme makalesi Cell dergisinde yayınlandı ve ardından farklı konularda birkaç derinlemesine makale yayınlandı.
İlk inceleme yazısında, yazar, moleküler kümeleme teknolojisi kullanılarak elde edilen bir dizi analiz sonucunu özetledi; bu, tümörleri ifade edilen genler, tümör hücrelerindeki kromozomal anormalliklerin sayısı ve DNA modifikasyonları gibi parametrelere göre gruplandırdı. Makalenin araştırma sonuçları şunu gösteriyor: Tümör türleri hücre kökenlerine göre sınıflandırılabilir Bu, tümör dokusunun kaynağının kanserin özelliklerini nasıl etkilediğine dair anlayışımızı güçlendirir ve çeşitli kanser türleri için daha spesifik tedavi seçeneklerine ilham verebilir.
İkinci gözden geçirme belgesi, TCGA'nın kanserin gelişmesine yol açan süreç hakkındaki bulgularını geniş bir şekilde tanıttı. Spesifik olarak, bu bulgular üç temel kanserojen süreci tanımladı: Germ hücrelerinde genetik mutasyonlar ve somatik hücrelerde edinilmiş mutasyonlar Tümörün temel genomunun ve epigenomunun gen ve protein ekspresyonu üzerindeki etkisi Ve tümörler ve bağışıklık hücreleri arasındaki etkileşim . Bu bulgular, çeşitli kanserler için yeni tedavilerin ve immünoterapilerin geliştirilmesine öncelik verilmesine yardımcı olacaktır.
Üçüncü inceleme belgesi, TCGA'yı ayrıntılı olarak tanıtmaktadır Hücre döngüsü ilerlemesini, hücre ölümünü ve hücre büyümesini kontrol eden sinyal yollarındaki genomik değişiklikler Araştırma, bir dizi kanserde bu süreçler arasındaki benzerlikleri ve farklılıkları ortaya koyuyor. Araştırmalarının sonuçları, kanserde kombinasyon terapisinin ve kişiselleştirilmiş tıbbın geliştirilmesine yardımcı olacak yeni potansiyel zayıflıkları ortaya koyuyor.
[Kapsamlı bir analizin önemi]
Belli kanserler ile diğer hastalıklar arasındaki ilişkinin incelenmesi gerçek bir klinik öneme sahiptir. Bazı durumlarda, araştırmacılar bilinen hastalıklardan kazanılan klinik deneyimlerden ders çıkarabilir ve bunları tedavileri hala belirsiz olan kanserlere uygulayabilirler. Artık dünyanın her yerindeki klinisyenler ve araştırmacılar, bu moleküler analiz ve alt tip sonuçlarına TCGA web sitesinden erişebilirler.
Her araştırma ekibi tarafından tüm TCGA tümör verilerinin kapsamlı moleküler analizi sayesinde, sonuçlar şunu göstermektedir: Kanserli bölgeler tarafından tanımlanan 33 kanser türü, hücresel ve genetik yapılarına göre 28 farklı moleküler alt tipte yeniden sınıflandırılabilir . Alt tiplerin yaklaşık üçte ikisi, geleneksel anlamda dokulara göre sınıflandırılan birçok farklı kanser türünü içerir ve bunların en büyüğü 25'e kadar çıkabilir. Bunu belirtmeye değer Bu 25 kanser hastasının bağışıklık tepkisinin aktivasyonu çok güçlü özellikler gösterir. . Bu keşif, moleküler tanımlamanın bir kanser türü için diğer kanser türlerine sahip hastalara özel immünoterapi uygulanmasına yardımcı olabileceği anlamına gelir.
Bu kapsamlı ve nihai TCGA pan-kanser atlas analizi, gelecekteki kanser araştırmaları ve klinik denemeler için yeni bir temel sağlayacaktır. Ve tekrarlayan tümörlerin yeni teşhislerini ve genomik özelliklerini elde etmeleri için klinik onkologlara ilham verebilir. Tümörler ilk seferde genom ve moleküler bileşime göre sınıflandırılabilirse, hastalar en iyi tedavi şansına sahip olacaklardır.
İlk dalga çapraz tümör karşılaştırması Eylül 2013'te tamamlandı ve araştırmacılar 12 tümör profilini analiz etti. Çoğu tümör nihayetinde menşe dokusuna göre sınıflandırılsa da, bu gruplarda bazı ortak DNA, RNA ve protein sinyalleri buldular. Bu, farklı kanser türleri arasındaki benzerlikleri gösterir. Bu nedenle daha kapsamlı bir karşılaştırma yapmaya karar verdiler.
2014 yılında bir pan-kanser makalesinde, araştırmacılar, tümör moleküler verilerinin istatistiksel analizi yoluyla tümörleri alt tiplere ayırdı. Çoğu kanser alt türü doku kökenine karşılık gelse de, bazı alt türler farklı vücut bölümlerinden kaynaklanan tümörlerden oluşur. 2014 yılında yapılan araştırmalar, yeni moleküler sınıflandırmaya göre, 10 kanser hastasından 1'i, moleküler taksonomiye bağlı olarak farklı kanser türleri olarak sınıflandırılabilir. Bu farkın, hastaların hangi tür tedavileri veya klinik araştırmaları kullanması gerektiği üzerinde etkisi olabilir.
Moleküler analiz ayrıca araştırmacıların, diğer hastalıklarda kullanılan ilaçların da yeni sınıflandırılmış bazı kanserlere karşı etkili olabileceğini keşfetmelerine olanak tanır. Örneğin, bir araştırma ekibi, genellikle romatoid artritin şiddetlenmesinde meydana gelen moleküler yolların aktivasyonunun, yeni tanımlanan bir veya iki kanser alt tipinde de meydana geldiğini bulmuştur. Bu nedenle, ilaç araştırmacıları, habis olmayan kronik hastalıkları tedavi etmek için kullanılan ilaçların kullanımını yeniden ayarlayabilirler, çünkü araştırmacılar bu yeni tedavi seçeneğini keşfetmek için moleküler temele sahip olacaklar.
Tümör Atlası
Bu pan-kanser haritası, araştırmacılara görsel veriler sağlayan, kanser araştırmaları için bir Google haritası gibidir. Yeni TCGA verileri, birkaç tipik kanser türü için neredeyse mucizevi sonuçlar gösteren immünoterapiler de dahil olmak üzere, bağışıklık sistemini kanseri kontrol altına almak için güçlendirmek için formüle edilen tedavi planlarına aydınlanma getirdi.
UCSC Tümör Haritası, araştırmacıların, tümör hücrelerinin kaynağı, moleküler organizasyon, "kök hücre özellikleri" veya farklılaşma durumu, spesifik değiştirilmiş genetik yollar ve tümörün bağışıklık sisteminin bileşenleri dahil olmak üzere TCGA verilerinde bulunan ana kalıpları gözlemlemelerine yardımcı olur. | Görüntü kaynağı: UCSC Etkileşimli Tümör Haritası
Bugüne kadarki en kapsamlı, benzersiz ve birleşik kanser analizi olarak, Pan Kanseri Atlası İnsan vücudunda tümörlerin nasıl, nerede ve neden ortaya çıktığına dair benzersiz ve kapsamlı bir anlayış sağlar Hassas tıbbın yeni tedaviler geliştirmesi için önemli bir kaynak haline gelecektir. Kanserin tam resmini sunar ve araştırmacıların sonunda kanserin karmaşıklığını anlayabileceklerini umar. Ve tüm akademisyenlerin ve halkın bu yeni portal üzerinden bu zengin verilere erişmesine izin vermek, şüphesiz tüm insanlığa olağanüstü bir katkıdır.
Yeni kanser sınıflandırması, klinik onkolojinin karşı karşıya olduğu uzun süredir devam eden ikilemi ortadan kaldırabilir. Pan-kanser atlasının ortaya çıkmasının, kanser ders kitabını yeniden yazma zamanını işaret ettiğini bile düşünebiliriz.
Referans kaynağı:
https://news.ucsc.edu/2018/04/pan-cancer-atlas.html
https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https://pancanatlas.xenahubs.net:443
https://www.nih.gov/news-events/news-releases/nih-completes-depth-genomic-analysis-33-cancer-types
https://tumormap.ucsc.edu/?pg=homePage
