Kaçak pangolinler koronavirüs taşır ve 2019-nCoV'a oldukça benzerdir
Kaynak: Qubit
Bu makale hakkında 2689 kelime, Önerilen Okuma 6 dakika.
Bu makale, kaçak pangolinlerin birden fazla örneğinde 2019-nCoV virüsüne çok benzeyen bir koronavirüsün bulunduğunu açıklamaktadır.
Pangolin bir ara konakçı mı? Yeni kanıt burada.
Guan Yinin Hong Kong Üniversitesinden ekibi ve Guangxi Tıp Üniversitesinden Hu Yanlingin ekibinin en son araştırma bulguları: Birden fazla pangolin örneği kaçakçılığı Çin'de ölümcül 2019-nCoV virüsüne çok benzer bir koronavirüs bulundu.
Bir hafta önce, Güney Çin Ziraat Üniversitesi de aynı araştırma sonucuna sahipti, şimdi, onu tamamlayacak daha fazla kanıt olduğu söylenebilir.
Aynı zamanda "viral insan yapımı" komplo teorisinin güvenilmezliğini de objektif olarak göstermektedir.
Bu pangolin örnek teşkilatının gümrükte el konulan ve muhafaza edilen pangolin "tıbbi malzemeleri" de içerdiğini belirtmek gerekir.
Neden pangolinler tanımlanır?
Şu anda ön baskı platformu medRxiv'de yayınlanan bu yeni makale, hakem tarafından incelenmemiştir. Makalenin temel sonuçları aşağıdaki gibidir:
Çok sayıda kaçak pangolinde koronavirüsler bulundu Koronavirüs reseptör bağlanma alanı (RBD), yeni koronavirüse% 97 benzer. Yarasalardaki koronavirüs ile karşılaştırıldığında, pangolinlerdeki koronavirüs, insanları hasta eden yeni koronavirüse daha yakın.
Bu sonuç, araştırmacılar tarafından üç parti pangolin örneğinin analizi ve çalışmasından geliyor.
Araştırma örnek kaynağı
İlk numune grubu Guangxi Gümrükleri tarafından, kaçakçılıkla mücadele operasyonları sırasında Ağustos 2017'den Ocak 2018'e kadar elde edildi. Akciğerler, bağırsaklar, kan ve diğer organlar dahil olmak üzere toplam 43 donmuş doku 18 pangolinden geldi.
Bunların yüksek verimli RNA dizilemesi, 6 koronavirüs olduğunu gösterdi: 2'si akciğerlerde, 2'si bağırsaklarda, 1'i akciğer-bağırsak karışımında ve 1'i kanda.
Aşağıdaki şekilde gösterildiği gibi, karışık bir bağırsak-akciğer numunesi kullanılarak, Vero-E6 hücre hattı kullanılarak yeni bir tip izole edilebilir. B-koronavirüs (Betacoronavirus).
Sıralamadan sonra araştırmacılar, tümü 2019-nCoV soyuna ait olan 6 tam genom dizisi GX / P1E, GX / P2V, GX / P3B, GX / P4L, GX / P5E, GX / P5L elde ettiler. Ayrıca donmuş pangolin örneklerinde bulunan bu koronavirüsler, 2019-nCoV virüsüne benzer genom yapılarına sahiptir.
Genom dizisine sahip olduktan sonra, araştırmacılar, bir numunenin bu donmuş pangolin serisinin aynı koronavirüsü içerip içermediğini tespit edebilen qPCR tespiti için primerler tasarladılar (nükleik asit tespitinin temel yöntemi).
İkinci parti numune Mayıs-Temmuz 2018 arasında toplandılar. 12 pangolinden 19 örnek (9 bağırsak dokusu ve 10 akciğer dokusu) toplandı. QPCR testinden sonra, 3 akciğer dokusu örneğinin pozitif olduğunu buldular.
Başka bir deyişle, ikinci grup pangolin, ilk pangolin grubu ile aynı koronavirüse sahiptir.
Üçüncü parti numuneler, yeni taç virüsün salgınından sonraydı.Guangdong, Mart 2019'daki kaçakçılıkla mücadele operasyonu sırasında elde edilen, 2 deri çubuğu, 1 bilinmeyen doku ve 1 ölçek içeren 5 arşivlenmiş pangolin örneğini yeniden inceledi.
Yüksek verimli sıralama yoluyla, ölçek örneklerinin koronavirüs okumaları içerdiği bulunabilir.Bu verilerden, yeni koronavirüs genomunun yaklaşık% 72'sini oluşturan 21.505 bp'lik kısmi bir genom dizisi birleştirilebilir.
Guangdong'da 2019 yılında hastalıklı pangolinler üzerine yapılan bir başka araştırmanın da akciğer örneklerinde yeni koronavirüse benzer bir virüs grubu bulduğunu belirtmekte fayda var.
Araştırma yöntemleri ve sonuçları
Bu bulgulara dayanarak, araştırma ekibi, tam uzunluktaki viral genomun% 86,3'ünü oluşturan kısmi genom dizilerini oluşturmak için farklı montaj yöntemleri ve manuel işlem kullandı.
Analizden sonra, bu yeni pangolin koronavirüs genomları ile yeni koronavirüs arasındaki benzerliğin yaklaşık% 85.5 ila% 92.4 arasında olduğu bulundu; bu, filogenetik ağaçtaki yeni koronavirüsün iki alt hattını temsil ediyor ve bunlardan biri yeni koronavirüs ile son derece yakından ilişkili.
Daha kayda değer olan, pangolin koronavirüsü, yarasa koronavirüsü ve insan koronavirüsü arasındaki varsayılan rekombinasyon sinyalidir.
Özellikle koronavirüs reseptör bağlanma alanında, yeni koronavirüs, en çok viral genomun geri kalanındaki yarasa koronavirüsü ile yakından ilişkili olmasına rağmen, Guangdong pangolin koronavirüsü (% 97,4'e kadar amino asit benzerliği) ile yüksek sekans benzerliğine sahiptir.
Koronavirüs reseptör bölgesinde, yarasa koronavirüsü ve insan yeni koronavirüsü yalnızca% 89,2 amino asit benzerliğine sahiptir.
Aslında, Guangdong pangolin koronavirüsü ve yeni koronavirüs, virüs reseptör bölgesinde (yukarıdaki kırmızı kutu) 5 anahtar kalıntıda aynı amino aside sahipken, yarasa koronavirüsü yeni koronavirüs ile yalnızca bir amino asidi paylaşıyor.
Başka bir deyişle, Guangdong pangolinlerindeki koronavirüs, insanları hasta eden yeni koronavirüse çok yakın.
İlginç bir şekilde, koronavirüs reseptör bölgesindeki tek tek eşanlamlı bölgelerin filogenetik analizi, Guangdong'da toplanan pangolinin filogenetik konumunun virüs genomunun geri kalanıyla tutarlı olduğunu gösterdi.
Bu nedenle, mevcut veriler kesin bir sonuç vermek zor olsa da, araştırmacılar Guangdong pangolin koronavirüs reseptör bölgesi ile yeni koronavirüs arasındaki amino asit benzerliğinin iki virüs arasında evrimsel bir ilişki olabileceğini düşünüyor. Genetik rekombinasyon değil.
Ek olarak, yakınsak evrimin itici faktörleri henüz bilinmemekle birlikte, bu, insan virüslerinin ortaya çıkmasında ara hayvan konakçılarının rolünü daha da vurgulamaktadır.
Pangolin: Yarasaların dışında enfekte olan tek memeli
Şimdiye kadar pangolinler, yeni koronavirüs tarafından enfekte olan yarasalar dışındaki tek memelilerdir.
Çarpıcı olan şey, pangolinlerde iki ilgili koronavirüs soyunun bulunması ve bu iki koronavirüs soyunun hepsinin yeni koronavirüs ile ilişkili olmasıdır.
Bu, bu hayvanların bu yeni koronavirüslerin uzun vadeli konakçıları olabileceğini gösteriyor.
Ancak başka bir olasılık da göz ardı edilemez - pangolinler yeni taçla ilgili virüslerini yarasalardan veya diğer hayvan konakçılarından bağımsız olarak elde etti.
Ayrıca, bu iki pangolinin soylarının, satılan Malaya pangolinlerinden türetildiğini de belirtmek gerekir.Bu pangolin büyük olasılıkla Güneydoğu Asya'dan geliyor ve pangolinlerin doğal olarak büyüdüğü bölgelerde insanlar, pangolinler tarafından korunan virüs çeşitliliği hakkında çok az şey biliyorlar. az.
Hiç şüphe yok ki, pangolin popülasyonlarındaki virüs bulaşma kapsamının daha fazla araştırılması gerekiyor, ancak Guangxi ve Guangdong eyaletlerindeki yeni koronavirüsle ilgili tekrarlanan koronavirüs enfeksiyonları, bu hayvanın koronavirüsün ortaya çıkması için potansiyel önemli bir ev sahibi olabileceğini gösteriyor.
Araştırma ekibi nihayet yeni koronavirüs ile ilgili virüsler de dahil olmak üzere koronavirüslerin Asya'daki birçok vahşi memelide açıkça mevcut olduğunu vurguladı.
Pangolinlerin epidemiyolojisi, patojenitesi, türler arası enfektivitesi ve bulaşıcılığı hala araştırılsa da, burada sağlanan veriler, bu hayvanların işlenmesinin önemli ölçüde dikkat gerektirdiğini ve pazarda satışlarını kesinlikle yasaklama ihtiyacını güçlü bir şekilde göstermektedir.
Bu çalışma aynı zamanda yeni koronavirüs konağının çalışma yönüne de işaret ediyor.Çin ve Güneydoğu Asya'nın doğal ortamındaki pangolinleri daha fazla izleyebilir ve yeni koronavirüsün ortaya çıkmasında ve gelecekte zoonotik bulaşma riskinde pangolinlerin rolünü anlayabilir.
Hong Kong Üniversitesi ve Guangxi Tıp Üniversitesi'nden
Son olarak, bu araştırmaya öncülük eden bilim adamlarını tanıtacağım.
İlki Hong Kong Üniversitesi. Lider: Guan Yi, tıbbi mikrobiyoloji uzmanı, Kraliyet Tıp Koleji'nden yabancı akademisyen, Hong Kong Üniversitesi Yu Sogo Vakfı Profesörü (viroloji), Ortaya Çıkan Toksik Hastalıklar Başkanı Profesör, Yükselen Bulaşıcı Hastalıklar Eyalet Anahtar Laboratuvarı Direktörü, Hong Kong Üniversitesi , Hong Kong Üniversitesi Grip Araştırma Merkezi Direktörü, Shantou Üniversitesi-Hong Kong Üniversitesi Ortak Viroloji Enstitüsü Direktörü, Guangdong-Hong Kong Ortaya Çıkan Bulaşıcı Hastalıklar Ortak Laboratuvarı Direktörü.
Uzun süredir influenza ve diğer yeni ortaya çıkan solunum yolu virüslerinin ekolojisi, evrimi ve patogenezi üzerine araştırmalar yapan SARS virüsünü izole eden ilk bilim adamlarından biriydi ve misk kedisinin SARS koronavirüsünün konağı olduğunu öne sürdü.
Yeni taç virüsünün patlak vermesinden sonra, Guan Yi, 21 Ocak'ta hayvanların kaynağını aramak için şahsen cepheye gitti, ancak daha sonra "Güney Çin deniz ürünleri pazarının kapatıldığını, yerin yıkandığını ve olay yerinin gittiğini" iddia etti.
Guan Yi ayrıca 23 Ocak'ta salgının ciddiyetini doğru bir şekilde tahmin etti.
Başka bir araştırma grubu lideri: Guangxi Tıp Üniversitesi Yaşam Bilimleri Enstitüsü Genomik Laboratuvarı yöneticisi ve doktora danışmanı Hu Yanling. Şangay Jiaotong Üniversitesi'nden 2009 yılında mezun oldu. Ocak 2014'ten Nisan 2015'e kadar Wisconsin-Milwaukee Üniversitesi'nde çalışma ziyareti.
Ana araştırma yönleri biyoistatistik, istatistiksel genom modeli yapımı, istatistiksel genomik, biyoinformatik ve veri madenciliği, tümör moleküler biyolojisi vb. Son yıllarda, 50 SCI makalesi de dahil olmak üzere 60'tan fazla ilgili makale yayınladı.
Kağıt adresi: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1.full.pdf
-Bitiş-
Tsinghua-Qingdao Veri Bilimi Enstitüsü'nün resmi WeChat kamu platformunu takip edin " THU Veri Pastası "Ve kız kardeş numarası" Veri Pastası THU "Daha fazla ders avantajı ve kaliteli içerik elde edin.
