Bilim adamları, model bitki aslanağzı genomunu deşifre ediyor
Aslanağzı olarak da bilinen Antirrhinum majus L., plantago ailesinde çok yıllık otsu bir bitkidir.Adı bir akvaryum balığı veya ejderha kafasını andıran çiçekten adını alır, saksı, kesme çiçek ve bahçe çiçeğidir. Evcilleştirme tamamlandı. Geçtiğimiz otuz yıl içinde, aslanağzı moleküler ve gelişimsel genetik için bir model ürün olarak kullanıldı. Snapdragon'da ilk kez MADS ailesinin bir üyesi olan DEF, TCP ailesinin bir üyesi olan CYC ve petal epidermal hücrelerin şekli de dahil olmak üzere birçok anahtar gen keşfedildi. Kendi kendine uyumsuzluğu kontrol eden MYB geni MIXTA, çiçek rengi genleri ROSEA, VENOSA ve SLF'ler (S-Loucs F-box). Snapdragon'daki özünde aktif olan transpozon, genlerin izolasyonunu ve analizini kolaylaştırır. Ancak şimdiye kadar bu çalışmalar genom dizilerinin yokluğunda yapılmıştır ve bu genlerin, transpozonların ve özelliklerin genel evrimini ve genetik yapısını incelemek imkansızdır.
Son zamanlarda, Xue Yongbiao'nun Çin Bilimler Akademisi Genetik ve Gelişimsel Biyoloji Enstitüsü'nden araştırma grubu, ikinci nesil Illumina genom dizileme platformunu ve üçüncü nesil PacBio tek molekülünü kullanmak için Liang Chengzhi'nin araştırma grubu, John Innes Center Enrico Coen'in araştırma grubu, BGI ve diğer araştırma ekipleriyle güçlerini birleştirdi. Genetik harita destekli montaj stratejisi ile birleştirilen dizileme teknolojisi, ekili aslanağzının (Antirrhinum majuscv. JI7) tüm genom dizisi belirlemesini tamamladı.
Çalışma,% 97.12 kapsama alanıyla aslanağzı kromozomunun (2n = 2x = 16) 510Mb moleküler dizisini elde etti, 37714 protein kodlama genini açıkladı ve neredeyse eksiksiz bir aslanağzı genomu bildirdi. Sekansın karşılaştırmalı analizi, Plantago ve Solanaceae'nin en yakın atalarından yaklaşık 62 milyon yıl önce ayrıldığını ve tam bir genom kopyasının yaklaşık 46 milyon ila 49 milyon yıl önce gerçekleştiğini gösteriyor. Sonunda, bu genom çapında çoğaltma, aslanağzı çiçek asimetrisi ile ilgili TCP gen ailesinin evrimine önemli bir katkı sağlar. Ek olarak, çalışma, aslanağzının sahte S lokusunun (S lokusu) 37 SLF geni dahil ancak S-RNaz'dan yoksun yaklaşık 2Mb'lik bir dizide 102 gen içerdiğini buldu, bu da stil faktörünün kaybının ekili aslanağzının bir sonucu olduğunu düşündürüyor. Kendi kendine uyumluluk özelliklerini elde etmenin ana nedeni ve ekili aslanağzı S alanları ile vahşi aslanağzı S alanları arasında yüksek derecede bir eşdoğrusallık olduğu bulundu. Özetle, aslanağzı genomunun deşifre edilmesi, bu model organizmanın genomik ve evrimsel araştırmalarını büyük ölçüde hızlandıracaktır.
Araştırma sonuçları, 29 Ocak'ta Nature Plants'de çevrimiçi olarak yayınlandı (DOI: 10.1038 / s41477-018-0349-9). Xue Yongbiao'nun araştırma grubu Li Miaomiao, Zhang Dongfen, Zhang Hui, Liang Chengzhi'nin araştırma grubu Gao Qiang, Ma Bin, Çin Bilimler Akademisi Pekin Genomik Enstitüsü Luo Yingfeng ve BGI Gene Chen Chunhai, makalenin ilk yazarları Xue Yongbiao, Liang Chengzhi, Enrico Coen ve BGI Gene Yin Ye, makalenin ortak yazarıdır. Araştırma, Çin Bilimler Akademisi, Bilim ve Teknoloji Bakanlığı ve Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı'nın stratejik pilot projesi tarafından desteklendi.
Snapdragon çeşidi JI7 genomunun ve sözde S lokusunun özellikleri
Kaynak: Genetik ve Gelişim Biyolojisi Enstitüsü, Çin Bilimler Akademisi
İpuçları: Yakın zamanda WeChat resmi hesap bilgi akışı revize edildi. Her kullanıcı, büyük kartlar şeklinde görüntülenecek olan sık okuma abonelik numaralarını ayarlayabilir. Bu nedenle, "Çin Bilimler Akademisinin Sesi" makalesini kaçırmak istemiyorsanız, şunları yapmalısınız: "Çin Bilimler Akademisinin Sesi" genel hesabına girin sağ üst köşedeki menüyü tıklayın "Yıldız Olarak Ayarla" yı seçin
