Uluslararası Virüs Sınıflandırma Grubu Komitesi bir makale yayınladı: Yeni koronavirüs neden bu şekilde adlandırılıyor?
Uluslararası Virüs Sınıflandırma Komisyonu'nun (CSG) Coronavirus Araştırma Grubu (CSG), 2 Mart'ta "Nature-Microbiology" de yeni koronavirüsün adlandırma yöntemini ve sürecini açıklayan ve virüs sınıflandırmasında sık karşılaşılan sorunları açıklayan yeni bir koronavirüs adlandırma bildirimi yayınladı. .
Yazar, yeni koronavirüs (SARS-CoV-2) adına SARS'ın, klinik hastalık seviyesi arasındaki ilişkiyi değil, orijinal virüsle aralarındaki evrimsel ilişkiyi vurgulamak olduğunu vurguluyor. SARS-CoV-2'nin mevcut sınırlı epidemiyolojik ve klinik verileri, hastalık özelliklerinin ve bulaşma şeklinin SARS-CoV tarafından bildirilenlerden farklı olduğunu ve SARS-CoV-2'nin 2002'den 2003'e kadar SARS-CoV'den farklı şekilde tedavi edilmesi gerektiğini göstermektedir.
Daha iyi bir anlayış için yazar, virüs sınıflandırmasını insan sınıflandırmasıyla karşılaştırır. Yazara göre, şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili şu anda bilinen koronavirüsler, Homo sapiens'i temsil eden birkaç birey gibi belirli bir türü temsil edebilir. Başka bir deyişle SARS-CoV ve SARS-CoV-2, SARS ile ilişkili koronavirüs türlerinin temsilcileridir; Marie Curie ve Albert Einstein ise Homo sapiens'in temsilcileridir.
Yukarıdaki açıklama makalesi "Şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili koronavirüs: 2019-nCoV sınıflandırılıyor ve SARS-CoV-2 olarak adlandırılıyor" (Şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili koronavirüs türü: 2019-nCoV sınıflandırılıyor ve SARS-CoV olarak adlandırılıyor) başlığını taşıyor. -2).
Bildiri yazısında CSG, yeni koronavirüs ile bilinen koronavirüsler arasındaki genetik ilişkiyi değerlendirdi ve virüsü "Şiddetli Akut Solunum Sendromu Koronavirüs 2 (SARS-CoV-2)" olarak adlandırmanın temelini detaylandırdı.
Virüslerin ve virüs türlerinin sınıflandırılması ve adlandırılması
Tarihsel olarak, belirli bir virüsle ilişkili hastalık ve konakçı aralığı, bir virüsü tanımlayan iki temel özelliktir. Bununla birlikte, virüsün konağı belirsiz olabilir ve virüsün patojenitesi çoğu virüs için hala bilinmemektedir. Yazar, genom dizisinin çoğu virüsün bilinen tek özelliği olduğuna ve belirli bir virüsü tanımlamak için kullanılması gerektiğine inanıyor.
Şekil 1: Filogenetik akıl yürütme yöntemine dayalı olarak yeni koronavirüsü adlandırmak
Virüslerin yeniliğinin tanımlanması, virüs sınıflandırma konularından biridir. RNA virüslerinin sınıflandırılmasında, kendi içlerinde olan genetik değişkenliklerinin dikkate alınması gerekir; bu, genellikle eksik ancak benzer genom dizilerine sahip iki veya daha fazla virüsün aynı virüsün varyantları olarak değerlendirilmesine neden olur.
Bu fenomen araştırmacılar için bir soruyu gündeme getiriyor: Yeni ve farklı bir virüs grubunun üyeleri olarak aday virüsleri tanımlamak için mevcut virüs grubundan ne kadar büyük bir fark var?
Araştırmacılar bu soruya genellikle aday virüsler ile tanımlanmış virüsler arasındaki korelasyon derecesini değerlendirerek cevap verirler. Bu, virüs sınıflandırmalarının resmi sınıflandırması çerçevesinde belirtilir ve Uluslararası Virüs Sınıflandırma Komitesi (ICTV) tarafından denetlenir ve koordine edilir.
ICTV, her virüs ailesi için bir araştırma grubu kurar ve sürdürür. Araştırma grubu, alt türler, cinsler ve alt aileler gibi virüsler için takson tahsis etmekten sorumludur.
Evrensel bir virüs terminolojisi oluşturmak, 50 yıldan uzun bir süre önce ICTV'nin ana görevlerinden biridir. Virüs taksonomisinde tür sıralaması belirlendikten sonra, ICTV'nin virüs adlandırma sorumluluğu türlerin adlandırılmasına ve oluşturulmasına aktarılır. ICTV araştırma grubu, resmi görev tanımının bir uzantısı olarak vaka bazında virüs isimlendirmesine katılabilir ve üyelerinin özel uzmanlıklarını kullanabilir.
SARS-CoV-2'nin koronavirüs ailesindeki konumunu tanımlayın
Koronavirüs araştırmacıları bu sorunla birçok kez karşılaşmışlardır: İnsanlarda ciddi ve hatta patojenik hastalıklara neden olabilecek bir virüs ortaya çıktığında, bunun mevcut bir türe mi yoksa yeni (kurulmamış) bir türe mi ait olduğunu belirlemek gerekir. Bu, SARS ve Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS) ortaya çıktığında olur. Araştırmacılar, virüsleri sınıflandırmak için gen dizilerine dayalı sınıflandırma yöntemlerinden bilgi alırlar.
Yazara göre, koronavirüslerin mevcut sınıflandırması 39 koronavirüs türü, 27 alt cins, 5 cins ve 2 alt aileyi tanımlayabilir. Hepsi Riboviria krallığına, Nidovirales takımına, Cornidovirineae alt takımına ve koronavirüs ailesine aittir.
CSG, ailenin sınıflandırılmasından ve özel yöntemlerinden sorumludur.SARS-CoV'nin yerini teyit etmek de dahil olmak üzere sınıflandırmada yeni virüs ile bilinen virüs arasındaki ilişkiyi karşılaştırarak yeni virüsün yerini değerlendirir.
Şekil 2: Koronavirüsün filogenetik ağacı
Yeni koronavirüsü adlandırmak için yazarlar, virüs ile bilinen koronavirüsler arasındaki genetik benzerliği değerlendirdiler. Genom verilerini karşılaştırarak, özellikle virüs replikasyonunda yer alan konservatif proteinlerin mutasyonlarını analiz ederek, yeni koronavirüs ve Şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili koronavirüsün aynı kümeye ait olduğunu buldular.
Yenilik açısından SARS-CoV-2, diğer iki zoonotik koronavirüs SARS-CoV ve MERS-CoV'den farklıdır.
Daha önce CSG, sırasıyla SARS-CoV ve MERS-CoV'yi betacornavirüs cinsinin iki yeni gayri resmi alt grubunun yeni tür prototipleri olarak tanımladı. Bu iki gayri resmi alt grup, yakın zamanda virüs sınıflandırmasında Sarbecovirus ve Merbecovirus olarak tanımlanmıştır. Yeni türde keşfedilen ilk virüslerin temsilcileri olarak, araştırmacılar iki virüs için benzersiz isimler sundular.
Ancak SARS-CoV-2'nin durumu farklıdır.Genetik ilişki göz önüne alındığında, yeni bir tür oluşturmaktan ziyade mevcut SARS ile ilişkili koronavirüs türü olarak sınıflandırılır.
SARS-CoV-2 ve SARS-CoV farklı şekilde ele alınmalıdır
Şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili koronavirüs türleri, tümü SARS-CoV'den türetilmiş isimler taşıyan yüzlerce bilinen virüs (çoğunlukla insanlardan ve yarasalardan izole edilmiştir) içerir. Yazar, bu virüslerin isimlerindeki SARS'ın, klinik hastalık düzeyi ilişkisini değil, kendileriyle orijinal virüs arasındaki evrimsel ilişkiyi vurgulamak olduğunu açıkladı.
SARS ile ilgili koronavirüs türlerinde virüslerin isimlendirilmesi sözleşmesine ve filogenetik ağaçtaki yeni koronavirüs ile prototip SARS-CoV arasındaki göreceli mesafe ilişkisi ve mesafe boşluğuna göre CSG, SARS-CoV-2 adını seçti.
Yazara göre, SARS-CoV-2'nin sınırlı mevcut epidemiyolojik ve klinik verileri, hastalık özelliklerinin ve bulaşma şeklinin SARS-CoV tarafından bildirilenlerden farklı olabileceğini göstermektedir.SARS-CoV-2 salgını, 2002'den 2003'e kadar SARS-CoV-2 ile karşılaştırılmalıdır. -CoV'nin popülaritesi farklı şekilde ele alınır.
Ayrıca, iki virüsün genetik olarak çok benzer olduğunu vurguladılar ve bu insan patojenlerinin biyolojisini ve evrimini ve yarasaları ve diğer hayvanları enfekte eden koronavirüslerin yakın akrabalarını daha iyi anlamak için aynı virüsler arasındaki bağlantının incelenmesi gerektiğini öne sürdüler. .
Şekil 3: Koronavirüs sınıflandırması (insanlarla karşılaştırıldığında)
Daha iyi bir anlayış için yazar, virüs sınıflandırmasını insanlarla karşılaştırır. Yazara göre, şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili şu anda bilinen koronavirüsler, Homo sapiens'i (H. sapiens) temsil eden resimdeki birkaç kişi gibi belirli bir türü temsil ediyor olabilir. Başka bir deyişle SARS-CoV ve SARS-CoV-2, SARS ile ilişkili koronavirüs türlerinin temsilcileridir; Marie Curie ve Albert Einstein ise Homo sapiens'in temsilcileridir.
