Yeni koronavirüs "daha güçlü" bir alt tipe mi dönüşüyor? Son sonuç öyle değil
Beijing News Express (Muhabir Li Yukun) "National Science Review", Pekin Üniversitesi Yaşam Bilimleri Okulu araştırmacısı Lu Jian ve diğerleri tarafından 3 Mart'ta bir çevrimiçi makale yayınladı. Medya, yeni koronavirüsün mutasyona uğrayıp iki alt türe dönüştüğünü yorumladı. Alt türlerden biri daha "agresif" dir.
11 Mart akşamı muhabir, Lu Jian ve diğerlerinin makaleyi yeniden gönderdiklerini keşfetti ve makalenin sonunda, "saldırgan" teriminin yanıltıcı olduğunu ve virüsün patojenitesi hakkında hiçbir sonuçlarının olmadığını açıkladılar.
Yeni koronavirüs mutasyona uğradıktan sonra daha "saldırgan" hale gelecek mi?
Makalenin yazarından ek açıklama
Lu Jian ve diğerleri 103 yeni koronavirüs genomu üzerinde çalıştılar ve bir protein kodlama alanındaki mutasyonlar arasındaki farktan dolayı, yeni koronavirüs suşlarının açıkça medya tarafından "alt tipler" olarak adlandırılan iki gruba ayrıldığını buldular. Ancak bazı bilim adamları, mutasyonların neden olduğu mevcut farklılıkların "alt tip" olarak adlandırılması için yeterli olmadığına ve "klad" olarak adlandırmanın daha uygun olduğuna inanmaktadır.
Lu Jian ve diğerleri, yeniden gönderilen makalede ek bir açıklama yaptılar:
"Yakın zamanda yayınlanan makalemizde, analiz sonuçları 103 SARS-CoV-2 virüs genomunda iki farklı soy olduğunu gösteriyor; bunlara 'L' ve S 'soyları deniyor. L ve S soylarını tanımlardık. Amino asit bölgesi ORF8'de (açık okuma çerçevesi 8) bulunur. Sözde açık okuma çerçevesi, DNA dizisindeki proteinleri-muhabir notunu kodlama potansiyeline sahip diziyi ifade eder.) Geninde, bu genin bilinen herhangi bir önemli fonksiyona sahip olduğu bulunmamıştır. L'pedigree'nin sıklığı, soy ağacının keşfinden daha yüksektir. L soyunu 'saldırgan' olarak tanımlıyoruz. Artık 'saldırgan' teriminin bu araştırmanın içeriğinde yanıltıcı olabileceğini kabul ediyoruz. Daha kesin olan 'daha yüksek frekans' terimi ile değiştirilmelidir. Kısacası, iki soyun doğal olarak bir arada var olduğunu bulmuş olsak da, SARS-CoV-2'nin virülans veya patojenitesini destekleyecek herhangi bir kanıt sunmadık. Herhangi bir epidemiyolojik sonuç. Bu nedenle, yanlış yönlendirmeyi önlemek için bu makalenin basılı versiyonunda düzeltmeler yapacağız. "
Önceki raporlarda, medya genellikle "alt tip" ifadesini kullanıyordu. Açıklamadan, Lu Jian ve diğerlerinin mutasyonun iki "alt tip" ürettiğine inanmadıkları, ancak "soyağacı" terimini kullandıkları görülebilir.
Makale ilk yayınlandığında, medya "yeni mutasyona uğramış L alt tipinin daha bulaşıcı olduğunu" bildirdi. Bu bakış açısına göre Lu Jian ve diğerleri, önceki ifadenin yanıltıcı olduğuna inanarak önemli düzeltmeler yaptılar.
Yeni Koronavirüs Gibi Mutasyon Nasıl?
481 mutasyon kaydedildi
Başka bir makalede, Hubei İl Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi'nin influenza referans laboratuvarı yöneticisi Liu Linlin ve diğerleri, veritabanına göre, yeni koronavirüsün genom boyutunun 183 değişken dahil 29.409bp ile 29.911bp arasında değiştiğinden bahsetti. Site.
Muhabir, Ulusal Biyoinformatik Merkezi'nin 2019 yeni koronavirüs bilgi veri tabanına 12 Mart saat 5 itibariyle yeni koronavirüsün 482 mutasyonunun kaydedildiğini tespit etti.
Yeni koronavirüs bilgi veri tabanı, SNP (tek nükleotid polimorfizmi, yani tek bir baz değişikliği), delesyon (delesyon, bir veya daha fazla nükleotid kaybı), insersiyon (insersiyon, çoklu) olmak üzere 4 tip mutasyonu kaydeder. Bir veya daha fazla nükleotid), indel (ekleme veya silme). Bunlar arasında SNP 461 ile en fazla olanıdır. Silme işleminin ardından 20 öğe var. Yeni koronavirüs tek sarmallı bir RNA olduğu için, bu virüsün SNP mutasyonu özellikle yaygındır.
Yeni koronavirüsün her geninin mutasyonu.
Lu Jian ve diğerleri tarafından L ve S soylarını tanımlamak için kullanılan amino asit pozisyonları ORF8'de (açık okuma çerçevesi 8) bulunur. Yeni koronavirüs bilgi veri tabanının verilerinden ORF8 en çok mutasyona uğramış değil. Dahası, Lu Jian ve diğerleri, bu genin bilinen herhangi bir önemli fonksiyona sahip olmadığını söyledi.
Muhabir, S geninin önemli bir işlevi olduğunu öğrendi. Bu gen, S proteini üretmek için kullanılır (başak proteini, başak proteini ve başak proteini olarak çevrilen spikeprotein). Başak proteini, viral konak hücre reseptörü ACE2'ye bağlanarak, Hücreyi işgal edin.
S geninde, önemli bir mutasyon her zaman dünyanın her yerinden bilim adamları tarafından yapılan araştırmaların odak noktası olmuştur. Gaoshan ve Nankai Üniversitesi'nden diğerleri, yeni koronavirüsün reseptör bağlanma motifinin yarasa koronavirüs ve pangolin koronavirüsünde bulunmayan ek bir Furin proteaz bölünme bölgesine sahip olduğunu buldu. SARS gibi diğer Beta koronavirüslerin çoğundan farklı olarak, bu mutasyon, yeni koronavirüsün HIV gibi diğer virüslerin benzer paketleme mekanizmasını benimsemesini mümkün kılar. Spinöz proteini, hücreleri enfekte etme konusunda daha yüksek bir etkinliğe sahiptir ve daha bulaşıcıdır.
İki soy ağacı arasındaki fark nedir?
Tip L, Tip S'den türetilmiştir
Lu Jian ve diğerleri, yeni koronavirüsün iki soyunu tamamen bağlı SNP'lerle ayırt etti. 103 yeni koronavirüs suşu arasında 101 suş, iki SNP arasında tam bağlantı gösterdi: 72 suş, bir "CT" haplotip gösterdi. Tip (lösin için kodon olduğu için "L" tipi olarak tanımlanır), 29 suş bu iki bölgede "TC" haplotipini gösterdi (serin için kodon olduğu için "S" tipi olarak tanımlandı) . L'nin ana tip (% 70) ve S'nin ikincil tip (% 30) olduğu görülmektedir.
Yeni koronavirüsü diğer yüksek düzeyde ilişkili virüslerin genomları ile karşılaştırdılar ve S soyunun nükleotidlerinin en yakın ilişkili virüsün homolog bölgeleri ile aynı olduğunu buldular.L tipi S tipinden daha fazla, ancak S tipi aslında daha eski. ". Bununla birlikte, L-tipi eski S-tipinden yeni evrimleşmiş olmasına rağmen, insan popülasyonunda daha hızlı yayılır veya çoğalır ve S-tipinden daha fazla mutasyonla sonuçlanır.
Wuhan'dan izole edilen 27 virüsten 26'sı (% 96,3) L tipi ve sadece 1'i (% 3,7) S tipi idi. Bununla birlikte Wuhan dışındaki bölgelerden izole edilen diğer 73 virüs arasında 45'i L tipi (% 61,6) ve S-tipi 28 (% 38,4) idi. Bu karşılaştırma, L tipinin Wuhan'da diğer yerlere göre çok daha yaygın olduğunu göstermektedir.
Yeni koronavirüs farklılaşmasının iki nesli.
Liu Linlin ve diğerleri tarafından yapılan araştırma da benzer bir evrim ve dağılım ilişkisini gösterdi.
146 genomu analiz ederek 183 yedek bölge buldular ve yeni koronavirüsü 80 haplotipe böldüler. Bunların arasında, atası haplotipiyle karşılaştırıldığında, H3 adı verilen bir haplotip ve onun türetilmiş haplotipleri sayıca fazladır ve Hubei'de (özellikle Wuhan'da) yaygın olarak dağıtılır. Çin haricinde 15 başka ülke tarafından sağlanan 65 virüs numunesi 43 haplotipe atandı. Bunların arasında, H3'ten türetilen 27 haplotip, iki atası H14 haplotipinden türetilen 11 haplotip ve H15'ten türetilen 3 haplotip vardır.
Her haplotip arasındaki türev ilişkisi.
Lu Jian ve diğerlerinin, her ikisi de yurtdışından, Amerika Birleşik Devletleri ve Avustralya'dan gelen iki tür S ve L içeren iki örnek bulduklarını belirtmek gerekir. Hastaya en az iki farklı yeni koronavirüs bulaşmış olabileceğini düşünüyorlar.
Doğrudan kaynak ne tür bir hayvandır?
Pangolinler olası değil
Lu Jian ve diğerleri, yeni koronavirüsün evrimini incelemenin yanı sıra, yeni koronavirüsün kökenini de incelediler ve bunun yarasa veya pangolinden gelip gelmediğine odaklandılar.
Genom çapında filogenetik ağaç, yeni koronavirüsün yarasa koronavirüsüne (RaTG13) en yakın olduğunu, ardından pangolinle ilişkili koronavirüs ve ardından insan SARS virüsünün geldiğini gösteriyor. Liu Linlin ve diğerleri de aynı sonuca vardılar: Filogenetik ağaca dayanarak, yarasa koronavirüsü (yarasa-RaTG13-CoV) ile yeni koronavirüs ve Guangdong'dan toplanan pangolin koronavirüslerinin iki kardeş virüsü arasındaki genetik mesafe nispeten büyük. Yeni koronavirüsün ara konağı olmayabilir.
Yarasalar, pangolinler ve insan yeni koronavirüsler arasındaki genetik mesafe.
Bununla birlikte, Lu Jian ve diğerleri, yeni koronavirüs ile yarasa SARS ile ilişkili koronavirüs (SARSr-CoV-RaTG13) arasındaki genomik nükleotid farkının sadece% 4 olmasına rağmen, nötr bölgedeki farkın% 17 olduğunu ve bu da iki Virüsler arasındaki farklar önceden tahmin edilenden çok daha büyük. Yazar bir karşılaştırma yaptı: Bu fark, insanlar ve şempanzeler arasındaki farkın 14 katı, insanlarla al yanaklı maymunlar arasındaki farkın 2 katı.
Ek olarak, bazı çalışmalar, pangolinin yeni koronavirüs için spinöz proses geninin (yukarıda bahsedilen S geni) bir kısmını sağlayabileceğini göstermiştir. Spike proteininin reseptör bağlanma alanındaki altı anahtar amino asit kalıntısı, 5 kalıntıdaki SARS virüsünden farklıdır ve yeni koronavirüsün reseptör ACE2'ye bağlanma afinitesi daha yüksektir. Yarasa koronavirüsü (RaTG13) da altı tanesinden yalnızca birinde aynıdır, ancak ilginçtir ki pangolin koronavirüsünün altı anahtar amino asit kalıntısı ve yeni koronavirüs aynıdır.
Yeni koronavirüsün sivri proteininin reseptör bağlanma alanının, pangolinlerdeki yeni bir rekombinasyon olayından kaynaklanabileceği öne sürülmüştür. Lu Jian ve diğerleri, spinöz proteinin yeniden birleştirilmesine rağmen, yeni koronavirüs ve pangolin koronavirüsündeki aynı işlevsel bölgelerin tesadüfi yakınsak evrimin sonucu olabileceğine inanıyor. Hong Kong Üniversitesi'nden Guan Yi ve önceki bir makalede ifade edilen diğerleri Aynı bakış açısı.
[Ana referans belgeleri]
Yeni pnömoni koronavirüsünün (SARS-CoV-2) evrimini ve nüfus demografisini çıkaran genom-widedata. BioRxiv2020.03.04.976662
SARS-CoV-2'nin kökeni ve devam eden evrimi hakkında. National Science Review, nwaa036
Beijing News muhabiri Li Yukun
Lucy tarafından redaksiyonu Ding Tian tarafından düzenlendi
