g u t x .com.tr İpek yolu - Çin'i anlamaya götürürüm

Yeni koronavirüs, HIV dizisini içeriyor mu? Bilim adamları tarafından kasıtlı olarak değiştirildi mi?

Yazar: Nekout

Editör: Yuki

Sürümü izlemek için çok uzun

Olay: Hindistan'daki bir araştırma ekibi, yeni koronavirüsün (2019-nCoV) HIV'den (HIV) türetilen dört kısa peptid dizisi içerdiğini öne sürdü. Yeni koronavirüsün kasıtlı bir değişiklikten kaynaklanabileceği konusunda yanıltıcı kamuoyu.

Söylenti: Hindistan ekibinin araştırma yöntemlerinde ve mantığında temel hatalar var. Görüşleri, çıkarımları ve sonuçlarının hepsi savunulamaz ve hevesli olduklarından şüpheleniliyor, çeşitli ülkelerden bilim adamları tarafından sorgulandı ve eleştirildi.

31 Ocak'ta, Hindistan'daki Hindistan Teknoloji Enstitüsü'nden bir bilimsel araştırma ekibi, Cold Spring Harbor Laboratuvarı, ABD'de BioRxiv ön baskı (Resmi bir akademik dergi değil) platform Yükle (Yayınlanmadı) Yaygın endişe uyandıran yeni koronavirüs 2019-nCoV hakkında bir makale yayınladı.

BioRxiv ön baskısı nedir?

Her şeyden önce, BioRxiv'in bilim insanlarına daha hızlı makale yayınlama yolu sağlamak için tasarlanmış bir platform olduğunu belirtmeliyim. Genel olarak, düzenli akademik dergilerde yayınlanan makaleler, gönderim, ön inceleme, veri iyileştirme ve ikinci gözden geçirme gibi karmaşık ve inişli çıkışlı süreçlerden geçmelidir. Bu süreçte harcanan zaman genellikle aylar hatta yıllar olarak hesaplanır.

Ancak bazen önemli bilimsel veriler uzun bir inceleme için bekleyemezler. Zamanında olmasını sağlamak için BioRxiv bir ön baskı vardır. Herhangi bir inceleme süreci gerektirmeyen bir ön baskı platformu . Herhangi biri veya herhangi bir birim tarafından yapılan herhangi bir içerik araştırması bu platforma yüklenebilir, yani, Bu platformdaki birçok makale resmi değildir ve hakem tarafından değerlendirilmemiştir ve geniş çapta kabul görmemiştir. Ön baskı yükleyen ancak normal akademik dergilerde yayınlanamayan makalelerin çoğunun ölümcül sorunları vardır. Bugün tartışacağımız Hint gazetesi bir istisna değildir.

Bu makale neyi inceledi?

Makalenin ne dediğine bir bakalım.

İlk olarak, yazar bir dizi koronavirüs genom dizisini dikkatlice "seçti", bir filogenetik ağaç oluşturdu ve yeni koronavirüs ile SARS virüsünün yakından ilişkili olduğunu buldu.

Filogenetik ağaç analizi: Yazılım, gen dizisinin tutarlılığına göre kümelenir, tutarlılık ne kadar yüksek olursa, ikisi arasındaki dal sayısı o kadar az olur, bu da genetik ilişkinin daha yakın olduğunu gösterir. Tam tersine yazar, 2019-nCoV ile SARS virüsü arasındaki ilişkinin en yakın ilişki olduğuna işaret ediyor | Referanslar

Bu yüzden bu yeni koronavirüsü kullandılar Spike glikoprotein (Spike glikoprotein) dizisi, SARS virüsünün homolog proteini ile karşılaştırılır. Daha sonra, 2019-nCoV'nin sivri glikoproteininin, SARS virüsünün homolog proteininden 4 daha bağımsız kısa peptide (yaklaşık 6-12 amino asit) sahip olduğu bulundu. Yazar buna işaret ediyor, 4 ekstra kısa peptit, 2019-nCoV'ye özgüdür , Diğer koronavirüsler yok.

Protein dizisi hizalamasının analizi: Sayı, proteindeki amino asidin sıra numarasını temsil eder ve her harf bir amino asidi temsil eder. Örneğin, M = metiyonin, F = fenilalanin, vb. Her büyük sırada üç küçük sıra vardır.İlk sıra yeni koronavirüs 2019-nCoV, ikinci sıra SARS ve üçüncü sıra aralarındaki konsensüs dizisidir. Kırmızı ile işaretlenmiş kısım, bu pozisyonlarda iki sivri uçlu glikoproteinin amino asitlerinin tamamen aynı olduğunu, mavi kısmın farklı olduğunu ve "----" eksik olanı temsil ettiğini gösterir. 2019-nCoV'nin spike glikoproteininin, SARS'ın spike glikoproteininden daha etiketli Insert1-4 konumunda bir miktar daha fazla peptide sahip olduğu görülebilir.

Yazar, bu peptitlerin kaynağını bulmak için veri tabanını tekrar araştırdı-ne? Bu ekstra kısa peptitler, HIV-1'deki gp120 ve Gag proteinlerine oldukça benzerdir. Yazarlar bunun tesadüfi olmadığına inanıyorlar ve bazı yapısal simülasyonlar yoluyla, bu ekstra kısa peptitlerin yeni koronavirüsün reseptörüne bağlanmasıyla ilgili olabileceğini düşünüyorlar.

Hem Insert1 hem de 2, HIV-1 gp120'nin kısmi peptitleri ile% 100 eşleşebilir. İnsert3 ve 4, sırasıyla HIV-1 gp120 ve gag proteinleri ile eksik eşleşmelere sahipken | Referanslar

Ardından yazar, insan manipülasyonunun yönüne yönelik argümanı ima etti. Örneğin, makalenin Şekil 3'teki başlığının orijinal metni "2019-nCoV virüsünün modellenmiş homo-trimer spike glikoproteini" diyor. HIV kılıfından gelen ekler proteini n proteinin bağlanma bölgesinde bulunan renkli boncuklarla gösterilmiştir. "Çevrilen anlam şudur:" Yeni koronavirüs sivri glikoproteininin homotrimer yapı simülasyonu. Kısa peptitleri HIV zarf proteininden işaretlemek için birkaç farklı renk kullandık. "Yazar, insanların yanlışlıkla bu kısa peptitlerin HIV tarafından aşılanmış gibi görünmesini sağlamak için" itibaren "kelimesini kasıtlı olarak kullandı.

Şekil | Referans

Makale internette yayınlandıktan sonra çeşitli spekülasyonlara ve spekülasyonlara neden oldu. Bazıları bunun Çin'in virüs araştırmasının Çernobili olduğunu söylerken, diğerleri bunun ABD'nin virüsü dönüştürmek için yaptığı bir komplo olduğunu söylüyor.

Hakemli olmayan bu makale ciddi bir makale olarak değerlendirildi ve internette genişletildi

Bu argümanlar, makalenin bakış açılarının doğru olduğu öncülünden türetilmiştir.

Ama aslında, bu makale hem araştırma yöntemlerinde hem de mantıkta ölümcül hatalar yaptı ve incelemeye bile dayanamıyor.

Soru 1

Gerçeklerden boşanmış

Yazarın makalenin başında kurduğu filogenetik ağacın son derece kaba olduğu söylenebilir. Evrim ağacını oluştururken ne kadar az veri seçilirse, elde edilen sonucun güvenilirliği o kadar düşük olur. Yazar, kendi bakış açısını elde etmek için farklı kaynaklardan bazı koronavirüs verilerini seçti: örneğin yarasalar, tavşanlar, domuzlar, develer, kümes hayvanları ve SARS virüsü 2003'te ve MERS virüsü 2014'te küme analizi için.

Şekil | Referans

Yazarın evrim ağacından yeni koronavirüs ile SARS arasındaki ilişkinin en yakın olduğunu ve yarasa kaynaklı koronavirüsten biraz uzak olduğunu görmek zor değil.

Bu sonuç, Çin'deki birçok bilimsel araştırmacının son zamanlarda verdiği araştırma sonuçlarına aykırı. Bu makale ile aynı gün Science dergisinde yayınlanan bir filogenetik ağaç bulduk.Anahtar veriler, Çin'de ünlü bir virolog olan Shi Zhengli'nin bilimsel araştırma ekibi tarafından sağlandı.

Şekil | Referans

Bu resimde alıntılanan daha fazla veri var ve sonuçları daha net. Birkaç ana dalı açıkça görebiliyoruz. Öncelikle, SARS ve misk kedisinden elde edilen SZ3 izolatı en yüksek homolojiye sahiptir. Aynı daldadırlar. Bazı yarasa kaynaklı koronavirüslere daha çok benzerler ve daha büyük Şube içinde. Buradan, bu virüsün bulaşma yolunun yarasa civet insan olduğu sonucuna varabiliriz. Wuhan yeni koronavirüsü bu kez yarasalardan RaTG13 izolatı ile en yüksek homoloji derecesine sahip ve başka bir dalda bulunuyor. İkisi benzer olsa da, farklı evrim ve aktarım yollarına sahip olma olasılıkları yüksek. Şu anda, kısa süre ve daha fazla sıralama verisi eksikliği nedeniyle, yarasalar ve insanlar arasında bir ara konak olup olmadığını belirlemek hala imkansızdır.

Hindistan'dan yazar RaTG13'ün verilerini görmezden geldi. Keşfettiği dört kısa peptidin Wuhan'ın yeni koronavirüse özgü olduğu konusunda ısrar etti (yapay eklemeyi ima ediyor). Aslında, Bu 4 kısa peptidi, yarasa dışkısından RaTG13 virüs izolatının sivri glikoproteininde de bulabiliriz veya tamamen aynı veya oldukça benzerdir. . Açıklama Yeni koronavirüsün bu peptitleri doğal olarak uzun süredir var . Yazarın argümanı kendi kendini engelliyor.

Karşılaştırma sonuçları, makalede bahsedilen 4 kısa peptidin yarasa dışkısından RaTG13 virüs proteininde de bulunabileceğini veya tamamen aynı veya oldukça benzer olduklarını göstermektedir | Nekout

soru 2

Günah işlemek için bir sebep yok

Bu makalenin bir başka önemli argümanı, bu dört kısa peptidin, HIV proteini üzerindeki bazı peptidlere oldukça homolog olmasıdır. Ancak, bu argüman da "yanlışlıkla" bazı verileri göz ardı eder.

Aşağıdaki web sitesi biyolojik dünyadaki en güvenilir sekans karşılaştırma aracı BLAST'tır.Bununla, dünyanın en kapsamlı biyolojik sekans veritabanına evde erişebilir ve herhangi bir sekans verisini karşılaştırabilirsiniz.

1 numaralı peptidin 6 amino asidini sorgu dizisi kutusuna koyduk ve ardından sayfanın altındaki BLAST düğmesine tıkladık.

Pek çok proteinin, hepsi% 100 özdeş olan bu 6 amino asit dizisine sahip olduğunu bulacağız. Memelilerden bakterilere kadar farklı türlerin farklı proteinlerinden gelirler ve bir sayfanın tamamını çevirdikten sonra HIV bilgilerini göremeyebilirsiniz.

Bakteriler ve balıklar da dahil olmak üzere birçok tür bu diziye sahiptir ve yazar HIV'i "gizli motiflerle" seçmiştir.

Öyleyse, arama kapsamını daraltalım ve ne kadar etkili olduğunu görmek için bir kez bulmak için türü HIV ile sınırlayalım.

Tamam. Aslında, HIV üzerinde% 100 özdeş peptidler bulunabilir.

Yukarıdakiler ne gösteriyor?

Anlamanıza yardımcı olması için bir benzetme kullanalım: Bir paragraf yazdığınızı ve internette yayınladığınızı ve iyi bir şeye sahip olan birinin onu kopyaladığınızı kanıtlamak istediğini varsayalım. Nasıl kanıtlanır? Senin cezandan seçti " Neredeyse ölesiye sıkıldım "Arama çubuğuna 6 kelime atarak, aynı anda belirli bir ünlünün adını yazarak, bunların tamamen aynı olduğunu bulduk ve sonra sözlerinizin ünlüden taşındığını söyledi. Ama aslında, neredeyse herkes İnternette aynı şeyi söyledi ve Bu yalnızca belirli bir yıldıza özgü değildir.

Protein dizisi metinle aynıdır, Dizi ne kadar kısa olursa, her türde rastgele ortaya çıkma olasılığı o kadar yüksek olur. 6 klibi karşılaştırmanın sonucu, anlamsız olan "can sıkıntısından öleceğim" ile aynıdır.

Bundan bahsetmişken, gazetenin saçmalığını anlayabilmelisiniz.

Soru 3

Aşırı getirilmiş

Ayrıca makalenin yazarı, yeni koronavirüsü HIV virüsüyle ilişkilendirmesi için herkesi yönlendiriyor.Aslında iki virüsün tamamen farklı enfeksiyon yöntemleri var.

Virüs enfeksiyonunun ilk adımı, hücreler üzerindeki reseptörlere spesifik olarak bağlanmaktır. HIV'in ortak reseptör proteini, insan bağışıklık hücreleri üzerindeki farklılaşma 4 reseptör proteininin (CD4 proteini) yüzey antijen kümesidir. Vücudun bağışıklık hücrelerinin yalnızca bir kısmı bu reseptör proteinini sentezler ve bu reseptörü olmayan hücrelerin enfekte olması zordur. Ve HIV, insanlar dışındaki hayvanları enfekte edemez. Farelerde veya diğer deney hayvanlarında HIV enfeksiyonu sürecini incelemek istiyorsanız, önce insan CD4 proteinini farelerin bağışıklık hücrelerine transgenik teknoloji ile aktarmanız gerekir, aksi takdirde araştırma yapılamaz.

HIV ile enfekte olmuş hücrelerin şematik diyagramı

2019-nCoV sivri glikoproteininin bağlandığı reseptör, birçok mukozal doku hücresinde yaygın olarak bulunan ve solunum yolu ve diğer mukoza zarlarından yayılmasına izin veren anjiyotensin dönüştürücü enzim 2'dir (ACE2).

Bunların nehir suyunu istila etmeyen iki virüs olduğu görülebilir. Reseptör ve enfeksiyon süreci çok farklıdır.Yazar, 2019-nCoV'nin yalnızca birkaç dağınık peptidden HIV'den "süper güç" aldığını iddia ediyor. Bu bir fantezi.

Bu makale yüklendikten sonra dünyanın her yerinden bilim adamları tarafından sorgulandı ve eleştirildi.Yazar, daha fazla yanlış anlaşılmayı önlemek için makaleyi sizin görüşlerinize göre revize edeceğini ifade etti.

Yurtiçi ve yurtdışındaki ünlü bilim adamları bu güvenilmez makaleyi eleştirdi.

Bu nedenle, bu makale sadece bir saçmalık. Umarım herkes gözlerini açık tutar ve komplo teorileri tarafından yanıltılmayan bu tür haberlere karşı tetikte olur.

* Cambridge Üniversitesi'nde boynuzları olmayan Qiao Ba'ya ve yazma yardımları için Northwest A&F Üniversitesi'nden Nan Hao'ya teşekkürler