PNAS: Cambridgein en son şaheseri, yeni tacın kökenini ve yayılmasını ortaya koyuyor ve farklı bölgelerde yeni taç virüsünde önemli farklılıklar var
Makale Akademik Başlıklar
8 Nisan'da, Cambridge Üniversitesi'nden Peter Forster ve diğerleri, Proceedings of the National Academy of Sciences'da (PNAS) insanların yeni koronavirüsün kökeni hakkındaki endişelerini uyandıran "SARS-CoV-2 genomlarının filogenetik ağ analizi" başlıklı çevrimiçi bir akademik makale yayınladılar. Ve aktarım yolları hakkında bazı düşünceler ve tartışmalar.
GISAID veritabanına (https://www.gisaid.org/) dayanan bu araştırma, 160 tam insan SARS-Cov-2 genomunun filogenetik ağ analizini gerçekleştirdi. Araştırmacılar, amino asit değişikliklerine dayanarak üç merkezi varyant buldular (A, B ve C olarak adlandırılır).
Bunlar arasında A, yarasa ekstrakorporeal koronavirüsün atalarından kalma tipidir; A ve C, Doğu Asya dışındaki bölgelerde (yani Avrupa ve Amerika Birleşik Devletleri) yüksek orana sahiptir; B, Doğu Asya'da en yaygın türdür ve atalarının genomu Önce türev B tipine mutasyona uğramadan Doğu Asya dışına yayılmadı, bu da türün Asya dışında "kurucu etkilere" veya bağışıklığa veya çevresel dirence sahip olduğunu gösterir.
Tianjin Üniversitesi Biyogüvenlik Strateji Araştırma Merkezi'nden Profesör Wang Fangzhong ve Zhang Weiwen, "Xinhuanet", "Virüs İzlenebilirliği Salgın Önleme ve Kontrol için" Cevaplanması Gereken Bir Soru "başlıklı bir makale yazdılar: 1. Virüs izlenebilirliği, salgın önleme özü olarak adlandırılabilir Amacı, virüs bulaşma kaynağını bulmak, virüsün ilk bulaşma yolunu, mutasyon kurallarını ve potansiyel risklerini anlamak, virüsün kaynağından salgın önleme ve kontrol için önemli bir bilimsel temel sağlamak ve gelecekte benzer salgınların meydana gelmesini önlemektir. 2. Virüs izlenebilirliği, aşı geliştirme için bilimsel garanti sağlayabilir Bu çalışma sayesinde, aşı araştırma ve geliştirme için değerli bir kaynak olan çok sayıda virüs suşu izole edilebilir. 3. Virüs izleme, "komplo teorilerini" ezmek için en iyi silahtır Virüsün kaynağı bulunduğu sürece, kasıtlı olarak ilgili tüm söylentiler saldırı olmaksızın kırılacaktır. 4. Virüs izlenebilirliği aynı zamanda en iyi eğitimdir İnsanlara vahşi hayvanları korumalarını, doğaya saygı duymalarını ve insan ile doğa arasında uyumlu bir gelişme yolunu seçmelerini hatırlatacaktır.
Şu anda, dünyanın dört bir yanındaki ilgili bilimsel araştırmacılar aralıksız çaba sarf ediyor ve virüsün kaynağını bulmak için aktif olarak çabalıyorlar. Çin, yeni koronavirüs genomunun tam dizisini 10 Ocak gibi erken bir tarihte yayınladı; 23 Ocak'ta, Çin Bilimler Akademisi'nin Wuhan Viroloji Enstitüsü, yarasaların yeni koronavirüsün doğal ev sahibi olabileceğini öne sürdü; 7 Şubat'ta, Güney Çin Tarım Üniversitesi ve diğer kurumlar ortaklaşa bir makale yayınladı. , Pangolinin yeni koronavirüsün potansiyel bir ara konağı olduğunu iddia ederek; 18 Şubat'ta, Hong Kong Üniversitesi ve Guangxi Tıp Üniversitesi, ortaklaşa olarak, pangolinin potansiyel ara konakçılardan biri olduğuna inanan bir makale yayınladı.
Çin Bilimler Akademisi'nin Xishuangbanna Tropikal Botanik Bahçesi, 20 Şubat'ta resmi web sitesinde "Banna Botanik Bahçesinde Tüm Genom Verilerine Dayalı Yeni Koronavirüsün Evriminin ve Yayılmasının Analizi" başlıklı makaleyi yayınladı.Güney Çin Ziraat Üniversitesi ve Pekin Beyin Merkezi'nden araştırmacılar ile çalıştılar. GISAID veri tabanında (12 Şubat itibarıyla) dünya çapında çeşitli alanlarda paylaşılan dört kıtada 12 ülkeden 93 yeni koronavirüs örneğinin genom verilerini topladı ve tüm genom verilerinin analizi ile enfeksiyonun kaynağını ve yayılma yolunu izledi.
Çalışma, alınan 93 numunenin, 3 eski süper yayıcı haplotip (H1, H3 ve H13) ve 2 yeni süper yayıcı haplotip dahil olmak üzere beş grupta özetlenebilecek 58 haplotip içerdiğini buldu. (H56 ve mv2); Güney Çin Deniz Ürünleri Pazarı'ndaki yeni koronavirüs başka yerlerden tanıtıldı ve pazarda hızla pazar dışına yayıldı; aynı zamanda vakaların mevcut yayılımı en az 3 rotadan geldi. Yeni koronavirüs, 12 Şubat'tan önce (8 Aralık ve 6 Ocak) iki önemli nüfus artışına sahipti.
A, B: Yeni koronavirüsün 58 haplotipinin evrimsel ilişkisi ve coğrafi dağılım modeli; C: Haplotipler arasındaki olası evrimsel ilişki; D: Yeni koronavirüsün olası yayılma ve yayılma yolu. A ve B dairelerindeki veriler, örneklerin sayısıdır.
Bununla birlikte, bu sonuçların virüs izlenebilirliği için tam bir kanıt zinciri oluşturması hala zordur.
Cambridge Üniversitesi'nden araştırmacılar, GISAID veritabanına (https://www.gisaid.org/) dayalı 160 tam insan SARS-Cov-2 genomunun filogenetik ağ analizini gerçekleştirdi. Mart 2020'nin başlarından itibaren GISAID veri tabanı, Aralık 2019'dan bu yana dünyanın dört bir yanındaki klinisyenler ve araştırmacılar tarafından sağlanan 253 tam ve kısmi SARS-CoV-2 genomunu içeriyor.
GISAID veri tabanında hCoV-19 genomunun epidemiyolojisi
Amino asit değişikliklerine göre, Araştırmacılar 3 merkezi varyant buldu (A, B ve C olarak adlandırılır) . Bunlar arasında A, yarasa ekstrakorporeal koronavirüsün atalarından kalma tipidir; A ve C, Doğu Asya dışındaki bölgelerde (yani Avrupa ve Amerika Birleşik Devletleri) yüksek orana sahiptir; B, Doğu Asya'da en yaygın türdür ve atalarının genomu Önce türev B tipine mutasyona uğramadan Doğu Asya dışına yayılmadı, bu da türün Asya dışında "kurucu etkilere" veya bağışıklığa veya çevresel dirence sahip olduğunu gösterir.
A tipi, eşanlamlı mutasyon T29095C ile ayırt edilen iki alt kümeye sahiptir. T aleli alt kümesinde 4 Çinli (Çin'in güneyindeki bir kıyı eyaleti olan Guangdong'dan) ata genomları taşırken, 3 Japon ve 2 Amerikalı hasta bazı mutasyonlardan dolayı farklıdır; Bu Amerikalı hastaların Wuhan'da olduğu bildirildi. Şüpheli salgın bölgesinde yaşadı. C aleli alt kümesinin, Wuhan'dan 5 kişi (2'si ata düğümünde yer alır) ve Çin'den ve komşu ülkelerden 8 Doğu Asyalı dahil olmak üzere nispeten uzun bir mutasyon dalı vardır; dikkat etmek gerekir ki, Asya küme Türlerin yaklaşık yarısı (15/33) Doğu Asya dışında, özellikle Amerika Birleşik Devletleri ve Avustralya'da bulunmaktadır. .
Tip B için, esas olarak Wuhan'da (n = 22), doğu Çin'in diğer bölgelerinde (n = 31) ve komşu Asya ülkelerinde (n = 21) mevcuttur. Doğu Asya dışında, Amerika Birleşik Devletleri ve Kanada'da virüs genomlarında 10 tip B, Meksika'da bir, Fransa'da dört, Almanya'da iki ve İtalya ve Avustralya'da birer tane bulundu. düğüm B, iki mutasyon yoluyla A tipinden türetilmiştir Gel : Eşanlamlı mutasyon T8782C ve eşanlamlı olmayan mutasyon C28144T. Mutasyonların dal uzunluğu açısından B tipi dikkat çekicidir: Atalara rağmen B Tipi Doğu Asyalılar tarafından tekelleştirilmiştir (26/26), fakat Asya dışındaki B tipi genomların mutasyonları var (19/19) .
Tip C ile ebeveyn tipi B arasındaki fark eşanlamlı olmayan mutasyon G26144T'dir. Veri setinde bu, Fransa, İtalya, İsveç ve Birleşik Krallık'ın yanı sıra Kaliforniya ve Brezilya'da temsil edilen ana Avrupa türüdür (n = 11). Çin anakarasından alınan örneklerde mevcut değildir , Ama Singapur'da (n = 5) belirgindir ve ayrıca Hong Kong, Tayvan ve Güney Kore'de de bulunur.
160 SARS-CoV-2 genomunun filogenetik ağı
Brezilyalı hastalar tarafından taşınan yeni koronavirüs, filogenetik ağın C kümesinde yer almaktadır.
Ontario hastalarının taşıdığı yeni koronavirüs, filogenetik ağın B kümesinde yer almaktadır.
Meksikalı hastaların taşıdığı yeni koronavirüs, filogenetik ağın B kümesinde yer almaktadır.
Bununla birlikte, araştırmacılar, çalışmanın küçük örneklem büyüklüğü nedeniyle, çalışmanın sonuçlarının evrensel olup olmadığını belirlemenin hala imkansız olduğunu da söylediler. Şu anda, araştırma ekibi analizi 1001 viral genoma genişletti. Forster, son araştırmanın şunu gösterdiğine inanıyor: COVID-19'un insanlarda ilk enfeksiyonu ve yayılması, Eylül ortası ile Aralık başı arasında ortaya çıkabilir.
PNAS kağıt adresi: https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117
